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FHIR-Tools

fhir-tool.py - Massenimport und Ressourcenanzahl

Python-Skript zum Massenimport von Ressourcen auf einen FHIR-Server und zur Anzeige, wie viele Ressourcen eines Typs auf einem FHIR-Server gespeichert sind.

Features:

  1. Import einer Ressource (einzelne json-Datei) oder Massenimport vieler Ressourcen, die sich als json-Datei alle in einem Verzeichnis befinden.
  2. HTTPS wird unterstützt, eine Prüfung des Serverzertifikates findet allerdings nicht statt. Damit werden auch selbst signierte Zertifikate unkompliziert unterstützt.
  3. BasicAuth wird unterstützt.

Abhängigkeiten

  • Python 3.7
  • extern
    • python-requests

$ pip install -r requirements.txt

Verwendung

Der REST-Endpoint -b |--base-path <URL> muss bei jeder Aktion angegeben werden. Wird HTTP Basic-Authentication genutzt, muss zusätzlich die option -a | --basic-authentication <USERNAME>:<PASSWORD> verwendet werden.

Zusammenfassung: Ressourcenanzahl auf einem Server

-s | --summary

Das Skript prüft welche Ressourcen der FHIR-Server unterstützt und erfragt über einzelne FHIR-Search-Anfragen die Anzahl dieser Ressourcen und gibt sie sortiert aus.

Beispiel:

$ python3 fhir-tool.py -b http://fhir-server:8080/fhir -s

17    Medication
44    MedicationStatement
312   Patient
1629  Encounter
4212  Procedure
4901  Condition
21606 Observation

(Massen)import von FHIR-Ressourcen

-r | --resource-directory <PATH>

Import einer einzelnen Datei oder eines ganzen Verzeichnisses. Die Ressourcen müssen als json-Datei vorliegen.

Beispiel für Einzelimport:

$ python3 fhir-tool.py -b http://fhir-server:8080/fhir \
-r /path/to/resource.json

Beispiel für Massenimport:

$ python3 fhir-tool.py -b http://fhir-server:8080/fhir \
-r /path/to/resources/ \
-a user001:verySecReT

Weitere geplante Werkzeuge

  1. FHIR-Graph: Erstellung eines Abhängigkeitsgraphen in Bezug zu einer FHIR-Ressource (z.B. Alle Ressourcen die direkt und indirekt von einem Patienten abhängen). Inklusiver grafischer Repräsentation.